土木工程
本学科点是我院最早获批的学科点。2000年成立结构工程专业二级学科硕士点，2003年成立防灾减灾及防护工程专业二级学科硕士点，2011年获批土木工程一级学科硕士点，有四个二级学科方向，其中结构工程是自治区重点(培育)学科，防灾减灾与防护工程为校级重点学科。
全日制培养方式，学制为三年，在校最长年限（含休学）为四年。
学科方向一：结构工程
主要研究内容：
工程结构现代抗震设计理论；钢结构理论研究及应用开发；建筑结构抗震性能及加固技术研究。
特色：
高层建筑结构在地震作用下的动力时程分析原理、计算方法；静力非线性计算原理、方法及在地震作用下的破坏机理。应用有限元分析方法，并结合建筑CAD技术对钢结构设计理论、方法及应用进行研究。针对新疆传统生土坯建筑，研究土体材料中的颗粒级配、粘土含量、土坯尺寸、植物纤维掺和量等因素对土坯力学性能的影响。结合当地的实际条件（经济、技术），开展土坯砌体房屋抗震加固方法和加固技术研究。
学科方向二：供热、供燃气、通风及空调工程
主要研究内容：
采暖地区建筑设计理论及方法；暖通空调系统设计与节能技术。
特色：
充分利用新疆地区丰富的太阳能资源，将太阳能-相变蓄热技术与不同类型的空调末端结合，降低供暖季高品位能源的使用率；建筑节能技术在新疆地区的推广与应用提供科学依据；同时还可为该技术与太阳能热利用技术、蒸发冷却技术的综合应用提供可行性分析。应用热工理论，并结合实际工程对制冷工艺设计理论、方法及应用进行研究。密切结合新疆干热地区的气候特点，分析干热地区的室外气象参数及暖通空调系统适用性特征。
学科方向三：防灾减灾及防护工程
主要研究内容：
工程结构检测与加固技术；岩土工程灾害预测和防治；地质灾害监测、预警理论与技术。
特色：
研究方法结合试验研究和有限元分析（ANSYS软件）计算手段开展研究工作。研究对象主要集中在高层非对称结构和新疆传统民居（土坯和夯土建筑）的抗震性能及加固技术。岩土工程设计理论与工程实际相相结合，研究开发适用于新疆地区岩土工程灾害预测系统。以地质灾害机理研究为主体的灾害评价体系；建立在灾害风险评估、经济评价基础上的防灾、减灾工程设计体系。
学科方向四：桥梁与隧道工程
主要研究内容：
路基路面工程；桥梁抗震性能及加固技术研究；道路交通工程技术研究
特色：
路基路面结构在荷载作用下的结构受力分析原理、计算方法；路基路面微观结构变形破坏机理；结构设计理论与方法。应用有限元分析方法，并结合桥梁CAD技术对桥梁结构设计理论、方法及应用进行研究。针对新疆公路和城市建设的特点，研究交通流的形成、变化规律，总结公路和城市道路交通流的指标体系，编订公路和城市道路交通流控制的技术标准，分析其主要影响因素。结合当地区域的实际条件（经济、技术、建设），开展公路和城市道路交通的环境影响评价研究。
建筑设计及理论
新疆大学建工学院建筑学专业设立已有20年时间，在2006年初成立了建筑学二级学科“建筑设计及理论”硕士点。
为适应西部大开发的建设需要，培养知识全面、综合素质高并在德、智、体全面发展的高级专业技术人才，要求研究生能够达到：在本学科领域内，掌握坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识，熟悉相关学科的基础理论知识和发展趋势；有独立从事科学研究的能力，在本领域上能够做出创造性的成果；能比较熟练地掌握和运用一门外语；具备优秀的品德素质、团队合作意识和自律意识。
全日制培养方式，学制为三年，在校最长年限（含休学）为四年。
研究方向一：建筑环境设计及相关环境行为理论
建筑单体及群体空间组合本身就是一个空间艺术的复杂综合体，它即有自身的空间，又有和外部物体共同形成的空间，它是一个多元空间体，由此形成的空间环境千变万化，它即要满足人们的功能需求，还要满足人们的心理需求，如何组合好这样一个空间艺术体是本研究方向的主要内容。
特色：
探索建筑设计所涉及的空间组合、技术优化组合，努力寻求适合于地区气候、文化特点的空间形式及环境特色，研究空间中人的环境心理变化，将空间设计内在规律、设计方法与人们的环境心理需求及地域环境特点有机结合起来，合理地、有效地、最大限度地发挥空间环境的全部性能，延长建筑环境的生命周期，降低能源消耗和环境污染，减少对自然生态环境的影响，走可持续发展的绿色建筑之路。
研究方向二：新疆地域建筑发展及传统建筑设计理论
随着现代科技的发展，各种文化之间的互相渗透，使得“文化”这个最具地区及民族特点的东西方边界越来越模糊。作为地域文化载体之一的建筑及城市环境，表现为无地域特点，无地域文化的影子，千篇一律缺少生机，如何使我们的城市显现地域文化应有的城市风貌是本研究的主要内容。
特色：
探索新疆建筑的民族性和地方性，以新疆传统建筑作背景，研究其穿梭时空与存在的意义，发掘其地方性与民族性，赋于本地建筑创作新的内涵。地域本土建筑文化的即定性与实际建筑的非确定性使建筑创作处于不断变化的过程中，如何引导建筑师的创作灵感，将建筑创作从死板的教条中解放出来，来实现建筑创作的本土化，地域化及城市特色的再现都是本研究关注的对象。
研究方向三：绿色节能建筑设计及理论
主要研究内容是从居住室内设计及装修光环境、热环境、声环境对人体健康，生活质量角度进行研究探讨，以提高人们生活居住质量，保证人体健康，使居住建筑满足人们的生活要求，同时对自然环境影响最小。
特色：
针对量大面广的居住建筑进行节能降耗方面的问题研究，主要是针对新疆本地区冬季采暖和部分地区夏季防热方面的研究，随着人们生活水平的提高对居住环境的要求也越来越高，我区建筑节能起步晚，进展缓慢，缺乏强有力的措施及技术依托，如何对居住建筑规划及建筑设计的节能进行深入研究，必将对我区建筑节能的发展有很大的推动作用。
建筑与土木工程
学院自2005年开始招收“建筑与土木工程领域”专业工程硕士。2010年开始招收“建筑与土木工程领域”全日制专业学位硕士。
工程硕士专业学位是与工程领域任职资格相联系的专业性学位，侧重于工程应用，主要是为工程建设部门，特别是为国有大中型企业培养应用型、复合型高层次工程技术和工程管理人才。要求学生具备良好的政治素质和职业道德，掌握一门外国语，应掌握所从事建筑工程领域的坚实的基础理论和宽广的专业知识；掌握解决工程问题的先进技术方法和现代技术手段；具有创新意识和独立担负工程技术或工程管理工作的能力。
全日制培养方式，学制三年，在校最长年限（含休学）为四年。
工程管理硕士（Master of Engineering Management，简称MEM）是2010由中国工程院提议，委托清华大学进行学科论证，同年批复新设置的一种专业学位。其目的是适应我国现代工程事业发展对工程管理人才的迫切需求，完善工程管理人才培养体系，创新工程管理人才培养模式，提高我国工程管理的人才质量。
工程管理是针对工程实践而进行的决策、计划、组织、指挥、协调与控制。包括：重大工程建设项目决策的技术经济论证和实施中的管理；重要复杂的新产品、设备、装备在开发、制造、生产过程中的管理；技术创新、技术改造、转型、转轨、与国际接轨的管理；产业、工程和科技的重大布局与发展战略的研究与管理等。随着现代工程出现了规模巨大、决策流程复杂、涉及技术种类众多、组织结构庞大、历时漫长、参与人员众多等趋势。工程管理在现代工程中的重要性使得工程管理人员在现代工程实践中扮演着越来越重要的角色。
培养掌握马克思主义基本原理和中国特色社会主义理论体系，具备良好的政治素质和职业道德，以及相关工程领域的基础理论和专门知识。通过全日制阶段的学习，了解国内外工程领域研究动态和发展趋势，掌握一门外国语，具有较强的计划、组织、指挥、协调和决策能力，能够独立担负工程管理工作的高层次、应用型工程管理专门人才。
全日制培养方式，学制三年，在校最长年限（含休学）为四年。
